赣州海关全称为“中华人民共和国赣州海关”，规格为正处级，功能类型为偏属地综合型，是由南昌海关直接领导，按授权负责赣州市（除龙南县、全南县、定南县、信丰县、安远县、寻乌县外）辖区内海关各类管理工作的执行机构。主要负责本单位党的基层组织建设和干部队伍建设；办理赣州市（除龙南等6县外）辖区内和指定口岸等具体海关业务，负责赣州市辖区内稽（核）查工作；反馈执法作业结果；完成南昌海关交办的其他工作。其内设科室9个：办公室（党委组织宣传部）、综合业务一科、综合业务二科、物流监控科、查检一科、查检二科、查检三科、稽核一科、稽核二科。