赣州市金融工作局是在实施“对接和珠闽，建设新赣州”发展战略大背景下，按照市委二届三次会议提出的“要在全省率先建立和完善社会主义市场经济体制”的要求，配合“十大体系”建设而设立的。2004年7月最初成立时设在市政府办公厅，为科级单位。2005年8月升格为市政府直属正县级事业单位。赣州市金融工作局是全省最早设立的地方政府主管金融事务的工作单位，是市政府协调金融工作的专门机构。