（一）办公室：处理机关日常政务、事务和财务工作，沟通内外联系与协调；协助县　（市、区）管理县（市、区）审计机关负责人；负责机关后勤服务和离退休人员的管理服务工作。

（二）综合法规科：编制审计工作规划、安排年度审计项目；负责审计财经法律法规工作；审核局机关的审计文书；受理审计行政复议和应诉；组织对下级审计机关审计业务质量的监督检查；指导、检查、考核全市审计机关审计项目计划业务工作，按照规定负责对全市审计项目计划计划情况进行定期统计汇总，草拟本局审计业务工作综合文字材料（含审计工作报告及审计发现问题的纠正和处理结果报告）；指导和实施审计机关的法制和普法教育工作，承办局举报中心的工作。

（三）财政金融审计科：实施市本级预算执行情况、决算和其他财政收支的审计；负责对市、县（市、区）的预算收支、预算外收支及效益和财税管理情况的审计；负责对金融、保险部门的审计；开展专项审计和审计调查；指导下级审计机关财金审计业务。

（四）行政事业审计科：负责审计与市财政有拨缴款关系的市人大、政协、法院、检察院机关和政党组织、社会团体的财政财务收支；负责审计市政府所属行政部门、单位的财务收支；开展专项审计和审计调查；指导下级审计机关行政事业审计业务。

（五）经贸审计科：负责审计市政府经贸、工交等部门的财务收支；负责对国有工商企业和国有控股企业进行审计监督；负责审计上级审计机关授权的中央、省驻市企、事业单位；开展专项审计和审计调查；负责对内部审计的指导和监督；指导下级审计机关经贸审计业务。

（六）农业资源环保审计科：负责审计市政府农林水、国土资源、环保等部门的财务收支及其本级和下级政府管理的农林水利、资源环保资金的筹集、管理、使用情况；开展专项审计和审计调查；指导下级审计机关农业资源环保审计业务。

（七）固定资产投资审计科：负责对国家和省、市级建设项目和技改项目的预算执行和决算进行审计监督；负责对市政府计划发展部门、建设部门和国有施工企业的审计监督；开展专项审计和审计调查；指导下级审计机关固定资产投资审计业务。

（八）社会保障审计科：对社会保障机构基金、资金的筹集、使用、管理情况进行审计监督；负责审计下级政府管理的社保资金的筹集、管理、使用情况；开展专项审计和审计调查；指导下级审计机关社会保障审计业务。

（九）外资运用审计科：审计国际组织和外国政府贷款、援助和赠款项目的财务收支；提供世界银行和亚洲开发银行援助、贷款项目的审计公证报告；负责对国有资产占主导地位的合资项目和国有控股的中外合资企业的审计监督；开展专项审计和审计调查，指导下级审计机关外资运用审计业务。 （十）经济责任审计科：拟订全市经济责任审计工作的有关规章、制度；负责对全市正县级党政群机关主要领导（含主持工作的副县级领导）的任期经济责任审计；负责对全市国有企业（含国有控股企业）领导人员的任期经济责任审计；负责对下级审计机关负责人的任期经济责任审计；组织、协调各科有关经济责任审计工作；负责有关经济责任审计事项的上呈下达工作；完成局领导交办的其它工作。

（十一）信息科：承担全市审计信息化管理、业务指导及相关工作。

（十二）机关党总支：负责局机关和直属单位的党群工作。

（十三）纪检组（监察室）：为市纪委（市监察局）的派驻机构。

（十四）赣州市审计干部培训中心：组织、指导、实施全市审计干部的教育、培训工作；负责全市审计工作人员和专业技术人员专业技术资格的考试、考核工作；负责组织全市审计机关公务员参加岗位资格考试工作；协助局领导对审计专业技术人员的考核和聘任专业技术职务的工作。