赣南科学院成立于2005年7月，为市政府直属的唯一综合型科研机构，拥有比较完整的农业科技体系，农、林、牧、渔、果等学科门类齐全，是市政府为社会和产业发展提供科学试验示范、公益性技术服务的重要平台，是“江西省农业科学院赣州分院”、“江西省科学院赣南分院”、“江西省林科院赣州分院”。按照事业单位机构改革部署，我院由原下辖的11个直属单位调整为市农业科学研究所（市烟草科学研究所）、市畜牧水产研究所、市林业科学研究所、市柑桔科学研究所和市蔬菜花卉研究所等5个直属正科级科研机构。全院共有山林地1万余亩，土地2321.69亩。

截止2021年4月，全院现有编制数量623个，在职人员547人，在编在岗人员227人，退休职工593人；在站博士后1人、博士1人，硕士研究生96人，高级职称55人，中级职称97人；享受国务院特殊津贴专家3人，省政府特殊津贴专家3人；市政府特殊津贴专家4人，省百千万人才工程人选6人，获市青年科技奖9人，西部访问学者1人。

赣南科学院组建以来，始终围绕市委、市政府中心工作，主动作为，积极争资争项，狠抓科技攻关，扎实做好科技服务，为推动我市优势产业发展发挥了较好地科技支撑作用。近年来共承担实施了国家“863”计划、江西省科技重大专项等国家、省（部）级项目649项，取得省级科技成果77项，获市（厅）级以上科技进步奖65项，争取项目资金1.85亿元；发表科技论文577余篇，主持制定或参编重点产业行业和地方标准、专利60项。先后育成通过国家、省级审定、具有自主知识产权的脐橙、水稻、油茶、花生等新品种60个。

目前，我院共建有邓秀新院士、黄路生院士、桂建芳院士等3个院士工作站，拥有赣南科学院博士后科研工作站、国家现代农业科技创新中心赣南科学院分中心、国家油茶科学中心赣南试验站、华中农业大学赣南柑橘农科教合作人才培养基地、江西省设施蔬菜技术创新中心、江西省油茶产业综合开发工程研究中心以及国家南方稻区区试站、省级水稻区试站，国家油茶良种基地、海南三亚南繁育种基地等40余个科研平台，并与华中农大、江西省农科院、江西省科学院等20余家国家、地方高等院校建立了紧密合作关系。

在赣州市委、市政府坚强领导下，为更好发挥科学院科技创新平台作用，助力新时代革命老区高质量发展示范区建设，“博学、笃行、鼎新、求实”的科学院人正以崭新的面貌，立足建设赣州“两中心一智库”的目标，聚焦全市“三大战略”、突出“六大主攻方向”，认真落实新发展理念，坚持把科研工作当生命线，坚定践行“创新引领、开放协同、聚焦特色、服务产业”的工作方针，大力加强科技攻关，重点突破科技服务供给能力，全面做好学科建设、平台建设、人才培养、科技服务和成果转化等各项工作，努力把赣南科学院打造成为具有赣州特色、全省一流、在全国有重要影响的地市级综合科研创新机构。