赣南科学院成立于2005年7月，为市政府直属事业单位，是我市公益性综合科研机构，是市政府为社会和产业发展提供科学试验示范、公益性技术服务的重要平台。下辖市农业科学研究所、市林业科学研究所、市畜牧研究所、市柑桔科学研究所、市烟草科学研究所（市旱作物科学研究所）、市科技情报研究所、市水产研究所、市花卉研究所、赣南树木园、市农机化研究所、市稀土研究所和市钨业研究所、科技发展中心、中心实验室等14个直属单位。全院共有山林地21503.81亩，土地2321.69亩，科研基地14443.51亩（含试验田、山林、水域）。

全院编制数量1100个，现有编制数量1100个，职工总数1200人，其中在职人员595人（在编在岗人员259人，待岗人员336人），退休职工605人；博士1人、硕士研究生69人；在职正高专业技术人员16人、副高专业技术人员51人、中级专业技术人员100人；享受国务院特殊津贴专家3人，省政府特殊津贴专家3人；市政府特殊津贴专家4人，省百千万人才工程人选5人，获市青年科技奖9人，西部访问学者1人。

赣南科学院组建以来，坚持“科技立院、产业兴院、人才强院、开放办院”的方针，围绕市委、市政府中心工作，积极争资争项，开展科技攻关，为推动我市优势产业发展发挥了科技支撑作用。近年来共承担实施项目836项，其中国家“863”计划等国家级项目81项，争取资金1.36亿元；获各类科技奖励57项，其中脐橙、油茶、水稻等领域获国家、省部级奖25项；在核心期刊发表学术论文300余篇，出版专著9部；培育新品种56个，取得专利25项、制定标准10项。