赣南科学院2005年4月组建成立，为市政府直属正县级事业单位，是市委、市政府为加快我市在全省率先完善社会主义市场经济体制和促进经济社会全面发展的步伐，深化科研体制改革和机制创新，提升我市科技、科研的整体实力和水平先行先试的大胆实践。

赣南科学院，英译名为Gannan Academy of Sciences，下辖赣州市农业科学研究所、赣州市畜牧研究所、赣州市林业科学研究所、赣州市柑桔科学研究所（江西省脐橙研究所）、赣州市烟草科学研究所（赣州市旱作物研究所）、赣州市科技情报研究所、赣州市花卉研究所（江西省甘蔗研究所、赣州市甘蔗研究所）、赣州市水产研究所、赣南树木园、赣州市农机化研究所、赣州市钨业研究所、赣州市稀土研究所、科技发展中心等13个科研机构。现有职工总人数1215人，其中副高以上专业技术人员54人，享受国务院特殊津贴4人、省政府特殊津贴5人、市政府特殊津贴6人，省百千万人才工程人选4人,市青年科技奖获得者7人，西部访问学者l名。

十年来，全院科技成果、科研经费节节攀升，科技服务水平年年上台阶，在赣州的科技影响力逐渐扩大，拥有一定话语权，取得了较好的成绩。先后成功申报并实施了国家“863”科技计划项目“优质高产低耗e型杂交水稻的选育”、“红椿等速生阔叶树基因库建设与应用”等重大科研项目89项，在项目层次上取得重大突破。全院通过鉴定的科技成果40余项，获科技成果奖达20项次（其中2008、2009、2010年连续三年获省科技进步二等奖，2013年获省科技进步一等奖1项、三等奖1项，2014年获市科技进步二等奖1项，2015年获省科技进步三等奖1项，其他各类科技奖14项），获国家专利4项；先后通过省级以上审定、具有自主知识产权的e型杂交水稻新组合23个、新质源不育系12个，取得国家植物新品种权证书6项；审定的国家级油茶良种11个（约占当时全国的三分之一）。

十年来，赣南科学院致力于创建科技合作与人才培养平台，成效显著。现已与中科院、中国林科院、中国农科院、华中农大、江西农大、省科学院、省农科院、省林科院等20多家院所、高校建立了交流与合作。水稻、脐橙、花生三个国家现代农业产业技术体系综合试验站，生猪、水产两个省现代农业产业技术体系综合试验站在我院发挥效用，已形成杂交水稻、脐橙、油茶、生猪、烟叶、花生、水产等领域的科研创新团队和行业领军人才梯队。市林科所成功纳入全国油茶产业协作组并参与全国区试，建设赣州首个省级油茶良种基地945亩，院中心实验室初步建成，市林木良种繁育中心已开工建设。赣南树木园加入中国植物园联盟，华中农大科教基地、江西省科学院赣南分院、江西省林科院赣州分院挂牌成立并发挥人才培养的作用。

赣南科学院始终坚持“科技立院、产业兴院、人才强院、开放办院”的办院方针，努力解决我市主导产业发展中的关键技术问题，力争在优势产业重大项目上有新突破，打造与我市产业集群发展相适应的基础公益性科技服务和协同创新公共平台，为赣南苏区振兴发展提供强大的科技支撑。