赣州海关1993年经国务院、海关总署批准成立，1995年6月28日正式开关。

管辖区域：

赣州市（除龙南县、全南县、定南县、信丰县、安远县、寻乌县外）辖区

主要职能：

主要负责本单位党的基层组织建设和干部队伍建设；办理赣州市（除龙南等6县外）辖区内和指定口岸等具体海关业务，负责赣州市辖区内稽（核）查工作；反馈执法作业结果；完成南昌海关交办的其他工作。

机构设置：

2019年，根据《南昌海关关于设立赣州海关查检三科的通知》（洪关人发〔2019〕240号），赣州海关机构调整为：办公室（党委组织宣传部）、综合业务一科、综合业务二科、物流监控科、查检一科、查检二科、查检三科、稽核一科、稽核二科、稽核三科。