1958年4月，赣州设立赣南气象工作组。1999年7月，赣州地区撤地设市更名为赣州市气象局。

市局下辖17个县（市、区）级气象机构。本部设办公室、防灾减灾科、人事教育科、政策法规科4个职能科室；设气象台、财务核算中心、气象信息与装备保障中心、气象服务中心、雷电灾害防御技术中心5个直属事业单位和市人工影响天气领导小组办公室、市级突发事件预警信息发布中心2个地方气象机构。

全市现有干部职工388人，其中在职干部职工211人（参公71人，事业编135人,地方编5人），离退休177人。在职正研级高级工程师1人，副研级高级工程师17人，工程师124人，助理工程师58人。大专以上学历188人占89.0%（其中，研究生学历7人占3.2%，本科以上学历133人占63.0%），1人入选“江西省百千万人才工程”人选，1人入选“江西省气象业务科研领军人才”，1人入选“江西气象业务科研骨干”。

近年来，在江西省气象局和赣州市委、市政府的正确领导和大力支持下，基本建成了门类比较齐全、布局基本合理的新型气象事业结构，气象服务已覆盖了防灾减灾、改善民生、生态文明建设等经济社会发展的各个领域，为苏区振兴发展作出了应有的贡献，先后被上级部门或地方政府授予“全国重大气象服务先进集体”、“全省人工影响天气工作先进单位”、“省级文明单位”、“全省气象部门目标管理特别优秀单位”、“全市防汛抗旱先进集体”等荣誉称号。