赣南形成行政区的历史悠久。三国·吴嘉禾五年（236）设置相当于市一级的行政机构——庐陵南部都尉。宋代分设南安、赣州两个政区，简称“南赣”。又因地处赣江上游、江西南部，并于清康熙年间和民国初先后置分巡赣南道和赣南道，亦俗称“赣南”。

    秦　始皇帝三十三年（前214），秦发大军分五军戍五岭，其中一军守庾岭之界，置南壄县，九江郡，赣南有行政建制县始于此。

    汉　高祖元年（前206），南壄属楚；四年（前203），改九江郡为淮南国，南壄隶之；五年（前202），汉灭楚，南壄始隶汉；六年（前201），置豫章郡，南壄隶之；同时增设赣县、雩都二县，赣县筑城于益浆溪（今章贡区蟠龙镇一带）。西汉末年，王莽称帝，史称新莽（9—23），改豫章郡为九江郡，赣南三县隶之。东汉·建武元年（25），九江郡复名豫章郡，南壄县改为南野县，赣县、雩都、南野三县仍属豫章郡。兴平元年（194），孙策据江南，分豫章郡置庐陵郡，赣县、雩都、南野三县隶之。

    三国　吴·嘉禾五年（236），分庐陵郡置南部都尉，治雩都，赣南设立市一级行政机构始于此；析赣县置平阳，析南野置南安，析雩都东北白鹿营地置阳都；后析阳都的陂阳地置陂阳，不久又改名为揭阳。庐陵南部都尉领七县：赣县、雩都、南野、南安、平阳、阳都、揭阳。

    晋　太康元年（280），改南安为南康，改阳都为宁都，改平阳为平固；三年（282），罢庐陵南部都尉，置南康郡，治雩都，将南野并入南康，南康郡领六县；五年（284），揭阳复名为陂阳。元康元年（291），南康郡改属江州都督府。东晋·永和五年（349），南康郡治由雩都迁至章、贡两水间（今章贡区河套老城区）。义熙七年（411），南康郡治毁于战乱，移至贡水东南（今章贡区七里镇）。

    南北朝　宋·永初元年（420），改南康郡为南康国，治所迁回雩都。大明五年（461），析宁都虔化屯置虔化县。齐·永明元年（483），南康国复为南康郡。梁·大同十年（550），析雩都东南三乡地置安远县，后废。大宝元年（550），南康郡地大庾改属广东东衡州始兴郡。承圣元年（552），复迁南康郡治至章、贡二水间（今章贡区河套老城区）。自此，一直相沿为州、府治及行署、专署所在地。陈（557—589），赣县与南康互易县名。陈·太建十三年（581），由始兴郡分置安远郡，并于安远郡置大庾镇。

    隋　开皇九年（589），改南康郡为虔州，隶洪州总管府；平固并入赣县，虔化并入宁都；十年（590），改安远郡为大庾县，隶广州总管府始兴郡；十三年（593），陂阳县设石城场，同年一起并入宁都，虔州领四县：赣县、雩都、南康、宁都；十六年（596），大庾县废县为镇，隶虔州南康县。大业元年（605），虔州改为南康郡，赣县与南康互复原名；十三年（617），农民起义军据虔州称帝，国号楚；十八年（622），改宁都县为虔化县。

    唐　武德五年（622），南康郡复称虔州，仍隶洪州总管府。贞观元年（627），虔州隶江南道，辖县如前。永淳元年（682），析南康东南地，置南安县（大概辖今信丰、龙南、定南、全南等地）。神龙元年（705），升大庾镇为大庾县。开元二十一年（733），虔州属江南西道，领县如旧。天宝元年（742），虔州复为南康郡，改南安县为信丰县；析南安百丈地置百丈镇，后改虔南镇。乾元元年（758），南康郡又复改为虔州。贞元四年（788），分雩都东南三乡及信丰一里，复置安远县，虔州领七县：赣县、雩都、信丰、南康、大庾、虔化、安远。咸通六年（865），并江南西道置镇南军，虔州属之。天祐元年（904），析雩都县象湖镇淘金场置瑞金监。

    五代十国　后梁·开平三年（909），卢光稠依附后梁， 虔州属梁；四年（910），以虔、韶二州置百胜军。乾化元年（911），析南康西南地置上犹场。贞明四年（918），改虔南镇为虔南场。南唐·昇元元年（937），改百胜军为昭信军，虔州属之。保大十年（952），改上犹场为上犹县；次年，改瑞金监为瑞金县，改虔南场为龙南县，改石城场为石城县，虔州领十一县：赣县、雩都、信丰、南康、大庾、虔 化、 安 远、 上 犹、 瑞 金、 龙 南、石城。

    宋　开宝八年（975），改昭信军为军州。太平兴国元年（976），改军州复为虔州，隶江南西路；七年（982），析赣县潋江镇之七乡及庐陵泰和部分辖地置兴国县，析雩都县东南六乡于九州镇置会昌县，虔州领十三县。淳化元年（990），分虔州原辖之南康、大庾、上犹三县另置南安军，治大庾，虔州领十县；自此，赣南分为两个政区，均隶江南西路。宣和三年（1121），龙南县改名虔南县。南宋·绍兴二十三年（1153），校书郎董德元上书言：“虔”字为虎头，“虎头州非佳名”，诏令改虔州为赣州（取章、贡二水合流之义），赣州之名始于此；同年，虔化县改名宁都县，虔南县复改龙南县。嘉定四年（1211），上犹县改名为南安县。绍定四年（1231），升会昌县为会昌军，仍隶赣州。咸淳五年（1269），会昌军复为会昌县。

元　至元十三年（1276），改江南西路为江西行中书省，简称“行省”，赣州、南安军均隶江西行省；十四年（1277），赣州和南安军分别改为赣州路总管府和南安路总管府；十五年（1278），江西行省治所迁赣州；十六年（1279），江西行省治所迁回隆兴（今南昌市），南安县改名为永清，直隶江西行省；次年，永清复名上犹县，改隶南安路；二十四年（1287），并龙南县入信丰县，并安远县入会昌县，赣州路总管府领八县：赣县、雩都、信丰、兴国、宁都、会昌、瑞金、石城。元贞元年（1295），升宁都、会昌为州，以石城县隶宁都州，以瑞金县隶会昌州，赣州路总管府辖宁都、会昌二州及赣县、雩都、信丰、兴国四县。至大二年（1309），复置龙南、安远二县，隶赣州路。

明　明吴二年（1365，当元至正二十五年），赣州、南安两路改为府，宁都、会昌二州复为县，赣州府领赣县、雩都、信丰、兴国、宁都、会昌、瑞金、石城、龙南、安远十县，南安府领大庾、南康、上犹三县。洪武九年（1376），江西中书省改为江西承宣布政使司，赣州府和南安府均属之；十八年（1385），江西分为五道，赣州、南安二府均属岭北道。成化十三年（1477），设分巡岭北道于赣州，赣州、南安二府属之。弘治七年（1494），置南赣巡抚都察院于赣州，称虔院；十七年（1504）撤销。正德四年（1509），复置南赣巡抚都察院；十二年（1517），从上犹、南康、大庾三县划出部分辖地奏立崇义县，隶南安府，至此，南安府辖四县：大庾、南康、上犹、崇义。嘉靖三十六年（1557），增设分守岭北、岭东、岭南、漳南四道，统于虔院，岭北巡、守两道治赣州，赣州、南安二府隶之；四十年（1561），分出潮州程乡县及武平、安远、兴宁、上杭等县辖地置平远县，隶赣州府；四十二年（1563），只以程乡之义化等镇及兴宁之大信都为平远县，余地划回原辖县；平远县改隶广东潮州。隆庆三年（1569），析安远、信丰、龙南部分地置定南县，隶赣州府。万历四年（1576），析安远之寻邬等十五堡，置长宁县，隶赣州府，至此，赣州府领十二县：赣县、雩都、信丰、兴国、宁都、会昌、瑞金、龙南、安远、石城、定南、长宁，南安府领四县：大庾、南康、上犹、崇义。

清　顺治三年（1646），沿袭明制，赣州、南安二府领县各如明时，改隶江西承宣布政司。康熙四年（1665），罢虔院；八年（1669），撤销岭北巡、守两道；十年（1671），置分巡赣南道，赣州、南安两府隶之。雍正九年（1731），改分巡赣南道为分巡吉南赣道，增辖吉安府。乾隆十九年（1754），升宁都县为宁都直隶州，辖瑞金、石城二县，赣南自此分为赣州府、南安府、宁都直隶州三个政区；同年，改分巡吉南赣道为吉南赣宁兵备道，增辖宁都直隶州；三十八年（1773），改定南县为厅，隶赣州府。光绪二十九年（1903），划龙南之大龙堡、新兴堡及信丰之镇南、扬溪、步口、回戈堡，置虔南厅，隶赣州府，至此，赣州府领赣县、雩都、信丰、兴国、会昌、龙南、安远、长宁八县及定南、虔南二厅，南安府领四县：大庾、南康、上犹、崇义，宁都直隶州辖瑞金、石城二县。

中华民国　民国元年（1912），废州、府、厅。2年（1913），统一全国县制，地方政权只设省、县两级，原宁都直隶州及定南、虔南二厅均改为县，赣南十七县，统辖于江西省政府；3年（1914），江西省设浔阳、豫章、庐陵、赣南四道，赣南道，治赣县，领十七县：赣县、雩都、信丰、兴国、会昌、安远、长宁、龙南、虔南、定南、宁都、瑞金、石城、南康、大庾、上犹、崇义；4年（1915），改长宁县为寻邬县；15年（1926），废赣南道，其辖县复直隶于江西省政府；20年（1931），会昌、寻邬、安远、龙南、定南、虔南、上犹、崇义、大庾九县直属于陆海空军司令部南昌行营党政委员会，赣县、雩都、信丰、南康、兴国五县划为江西省第五行政区党政委员会分会统辖，广昌、宁都、石城、瑞金四县划为江西省第六行政区党政委员会分会统辖；21年（1932），全省划为十三个行政区，赣南各县分属第九、十一、十二、十三行政区，兴国县归第九行政区，第十一行政区（后改称赣南行政长官公署）设赣州，辖赣县、南康、信丰、上犹、崇义、大庾六县，第十二行政区设宁都，辖宁都、广昌、石城、瑞金、雩都、会昌六县，第十三行政区设龙南，辖龙南、定南、虔南、安远、寻邬五县；22年（1933），第十一、十三行政区合并，改名赣南政务专员公署，先设大庾，后迁赣州，辖第十一、十三行政区原领十一个县；24年（1935），全省改划为八个行政区，赣南各县分属江西省第四、八行政区，第四行政区设赣州，辖赣县、南康、信丰、大庾、上犹、崇义、龙南、定南、虔南、安远、寻邬十一县，第八行政区设宁都，辖宁都、广昌、石城、瑞金、会昌、雩都、兴国七县。

苏维埃时期（1928—1935）， 赣南多数县先后成立苏维埃政府，分别辖于江西、湘赣、粤赣、赣南省苏维埃政府。1930年6月，赣西南苏维埃政府下属设于赣南的东河、西河苏维埃政府办事处合并成立赣南革命委员会，为赣南第一个统一的临时红色政权，先后驻雩都步前岗、赣县江口、信丰县城等地，辖瑞金、兴国、赣县、信丰、雩都、南康、寻邬、安远、石城九个县苏维埃政府，安、雩、会、赣四个县边界特区和雩北区两个苏维埃政府，并管辖南雄县苏维埃政府；10月，在信丰成立党政工团合并的赣南行动委员会，赣南革命委员会改称赣南办事处，驻信丰，辖雩都、兴国、信丰、瑞金、安远六个县及雩北区苏维埃政府。1931年4月，宁都、石城两个苏维埃政府隶属赣西南苏区东路办事处；6月，撤销赣南各办事处，原办事处所辖县（区）由江西省苏维埃政府直接领导； 9月，宁都县分设宁都、彭湃两个县，宁都县驻黄陂，彭湃县驻固村，均直辖于江西省苏维埃政府；10月，湘赣省苏维埃政府成立，辖上犹、崇义、信丰、南康、大庾五个县；11月，中华苏维埃第一次全国代表大会在瑞金叶坪召开，大会成立中华苏维埃共和国临时中央政府，驻瑞金，瑞金因此称为“红都”，瑞金县划为中华苏维埃共和国临时中央政府直属县，县城改名为“瑞京”。1932年2月，宁都、彭湃两个县合并后成立宁都县临时苏维埃政府；4月，正式成立宁都县苏维埃政府，直隶于江西省苏维埃政府；4月，成立中共河西道委，辖上犹、崇义、南康、遂川及赣县、万安等河西苏区；9月，信丰和南康苏区机关在赣县韩坊设立信康县苏维埃政府，仍隶属江西省苏维埃政府；10月，上犹、崇义两个苏区县失陷，两县苏维埃政府停止活动。1933年1月，中共江西省委机关迁入宁都县城，再迁驻县城城北七里村；中共临时中央政治局从上海迁入中央苏区瑞金县；1月，宁都县改名博生县；7月，从博生县划出洛口、长胜地区，加上洛口与广昌、宜黄、瑞金、兴国等县的毗邻地，分别成立洛口县和长胜县苏维埃政府；8月，从会昌县划出西江、筠门岭地区，加上西江与雩都县毗邻的黄龙、宽田、沙心等区，分别成立西江县和门岭县苏维埃政府；8月，从石城县分出横江、大由、珠江、洋地、龙岗等区，加上毗邻的瑞金及福建宁化县部分辖地，增设太雷县；以兴国县均村地区为中心，增设杨殷县；均隶于江西省苏维埃政府；同月，以雩都、会昌、西江、门岭、寻邬、安远、信康七县设立粤赣省，驻会昌文武坝。1934年2月，寻邬县苏区全部和安远县苏区大部失守，两县遂合并成立寻安县苏维埃政府，仍隶于粤赣省；3月，信康县改名登贤县，辖原雩都畚岭、小溪和原赣县长洛、大田以及原会昌茶梓、乱石等六个区，隶于江西省苏维埃政府；5月，长胜、西江、太雷三县划属中央人民委员会直接领导；6月，登贤县改隶于赣南战地委员会；7月，中央决定设立赣南省，驻雩都县城；8月，成立赣南省苏维埃政府，辖赣县、雩都、登贤、杨殷四个苏区县；9月，门岭县与寻安县合并，在雩都小溪成立寻安会县苏维埃政府，隶于赣南省，不久停止活动；10月，石城、兴国、宁都县城失陷；10月，在瑞金成立中华苏维埃共和国中央政府办事处，治所由瑞金云石山迁至雩都宽田；中央政府办事处以宽田为中心，成立瑞西县苏维埃政府，直属中央政府办事处领导；合并兴国县东南部苏区和胜利县西南部苏区，设立兴胜县，同时成立兴胜县苏维埃政府，辖于江西省苏维埃政府；11月，瑞金县、雩都县、会昌县失陷。1935年3月，中央苏区全部丧失。

中华人民共和国  1949年8月14日，赣县解放，划出赣县原辖的赣州镇设赣州市，江西赣州分区行政督察专员公署驻赣州市，辖十八县（市）：赣州市、赣县、南康、大庾、上犹、崇义、信丰、龙南、定南、虔南、安远、宁都、雩都、兴国、瑞金、会昌、石城、寻邬；8月27日，赣西南行政公署成立，驻赣州市，辖赣州、宁都、吉安3个分区；9月中旬，成立宁都（原议名瑞金分区） 分区行政督察专员公署，驻宁都，原江西赣州分区行政督察专员公署管辖的宁都、雩都、兴国、瑞金、会昌、石城、寻邬七县及抚州分区所辖的广昌，改由宁都分区行政督察专员公署管辖，赣州分区行政督察专员公署领十一县（市）：赣州市、赣县、南康、大庾、上犹、崇义、信丰、龙南、定南、虔南、安远； 11月，撤销赣州分区行政督查专员公署，其所辖县（市）改由赣西南行政公署直接管辖。1951年6月，撤销赣西南行政公署，成立赣州区专员公署，为江西省人民政府派出机关，驻赣州市，辖原赣州分区行政督察专员公署所领十一县（市）；宁都分区行政督察专员公署为省直接管辖。1952年8月，撤销宁都专区行政督察专员公署，所领八县，除广昌划归抚州分区管辖外，余均改隶赣州区专员公署。赣州区专员公署领十八县（市）：赣州市、赣县、南康、大庾、上犹、崇义、信丰、龙南、定南、虔南、安远、宁都、雩都、兴国、瑞金、会昌、石城、寻邬。1954年，撤销赣州区专员公署，成立赣南行政公署，驻赣州市；同年7月，广昌县划入管辖，赣南行政公署共辖十九县（市）。1957年，经国务院批准，改变县用名字：雩都改于都，大庾改大余，虔南改全南，寻邬改寻乌。1964年5月，撤销赣南行政公署，成立赣州专员公署，驻地与辖县如旧。1967年1月，赣州专员公署被赣州地区革命造反总指挥部非法夺权；同年9月，成立赣州专区临时领导小组。1968年2月，成立赣州专区革命委员会；1971年1月，改名为赣州地区革命委员会。1978年8月，撤销赣州地区革命委员会，设立赣州地区行政公署。1983年10月，广昌县划归抚州地区管辖。1990年9月，成立赣州经济技术开发区，直属赣州地区，1991年12月，改称赣州黄金岭经济技术开发区，隶赣州市。1994年5月，经国务院批准，撤销瑞金县，设立县级瑞金市。1995年3月，国务院批准南康撤县设市，南康市为县级市。1999年2月，经国务院批准同意，决定撤销赣州地区和县级赣州市，分别设立地级赣州市和市辖章贡区。南康市、瑞金市由省直辖，赣州市代管。1999年7月，黄金岭经济技术开发区上划隶属地级赣州市；10月与赣州市高新技术产业开发区合并，成立赣州黄金开发区。2004年6月，赣州黄金开发区更名为赣州经济技术开发区。2008年11月，赣州经济技术开发区更名为赣州开发区。2009年2月，分出章贡区湖边镇、南康市潭口镇划归赣州开发区管辖，赣州开发区辖蟠龙、潭东、湖边、潭口四镇和黄金岭街道办事处。2013年10月，经国务院批准，同意撤销南康市，设立市辖南康区。南康区三江乡的解胜、博罗、筱坝三个行政村划归潭东镇管辖。南康区潭口镇的下坝、金塘、台头、村头四个行政村划归南康区龙岭镇管辖。潭东镇、潭口镇划归章贡区管辖。2016年10月，经国务院批准，同意赣县撤县设区为赣县区，以原赣县的行政区域为赣县区的行政区域。2016 年年底，赣州市辖 3 个区， 14 个县，代管瑞金 1 个县级市，有 283 个乡镇、 7个街道办事处。2016 年 3 月，赣州蓉江新区获批成立，2017年5月正式挂牌。蓉江新区是赣州市成立的城市新区，是赣州市政府派出机构，为正县级建制。管理区域范围：北起上犹江（凤岗至蟠龙段），南至潭口镇上元村，西起蓉江（潭口龙岭交界段），东至章江，包括潭东镇、潭口镇全域，以及蟠龙镇武陵 村、 坝上村、 当塘村、 虎形村、箩渡村等 5 个行政村全域（含黄金村位于坝上村的部分土地），黄金岭街道办事处坪路村、新路村等 2 个行政村全域。2017年年底，赣州市辖 3 个区， 14 个县，代管瑞金 1 个县级市，有 284个乡镇、 7个街道办事处。另有管理国家级经济技术开发区 4 个：赣州经济技术开发区、赣州蓉江新区、龙南经济技术开发区、瑞金经济技术开发区。